Cikal bakal Madrasah Tsanawiyah Negeri Jember I, didirikan pada Tanggal 1 Februari 1969 oleh Badan Pendiri Yayasan Pembina IAIN Jember dengan nama Sekolah Madrasah Tsanawiyah Institut Agama Islam Negeri Jember, yang selanjutnya disingkat dengan MTsIAIN Jember, yang   berlokasi di jalan WR. Supratman No. 1 Jember ( dalam komplek Fakultas Tarbiyah IAIN Jember ). Dengan lokal numpang pada Fakultas Tarbiyah IAIN Jember.

-  Waktu Belajar    : Pukul 12.10 – 17.00 WIB. (siang hari). Dengan Ketua Yayasan Madrasah Tsanawiyah IAIN adalah Bapak K. A. Muchith Muzadi.

-  Tenaga Pengajar : 1.Bahri Mahalli ( Kepala Madrasah) merangkap Guru dengan dibantu : 1. Zainal Arifin 2.Cholid Dimjati 3.Moh. Mudzar, B Sc 4.Moh. Nuri 5.Mardiyah Busyairi  6. Ahadiyah 7.Ustadz Hadi 8.Masykur. Dengan Murid pertama sejumlah 36 orang anak.

1. Tanggal 4 Februari 1970, MTs IAIN dinegerikan dengan SK. Menteri Agama Republik Indonesia, Nomor : 10 Tahun 1970, ditetapkan di Jakarta, dengan nama : Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri atau disingkat dengan MTsAIN Jember.
2. Tanggal 1 Desember 1971 dengan SK. Direktorat Pendidikan Agama Jakarta dan Surat Jawatan Pendidikan Agama Propinsi Jawa Timur di Surabaya tanggal 5 Januari 1972, hasil musyawarah Cibogo (Jabar) nama MTsAIN berubah menjadi MMPN atau Madrasah Menengah Pertama Negeri, dan MTsAIN Jember menjadi MMPN I Jember.
3. Tanggal 15 Maret 1972 dengan SK. Menteri Agama RI Nomor 31 Tahun 1972 dan Surat Dirjen Bimas Islam tanggal 15 Maret 1972 Nomor : E/III/TU/20001, nama MMPN berubah kembali menjadi MTsAIN.
4. Tanggal 1 Oktober 1973, dengan SK. Kepala Jawatan Pendidikan Agama Propinsi Jawa Timur di Surabaya Sdr. Arifin ditunjuk dan diangkat sebagai Pejabat Sementara Kepala MTsAIN Jember menggantikan Pejabat Lama Sdr. Bahri Mahalli, BA.
5. 24 Maret 1975, ditetapkan di Jakarta terbitlah Surat Keputusan Bersama Menteri Agama, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan serta Menteri Dalam Negeri, masing – masing dengan Nomor : 6 Tahun 1975, Nomor : 037/U/1975, Nomor : 36 Tahun 1975 tentang Peningkatan mutu pendidikan pada Madrasah, dan masing – masing ditandatangani oleh Amir Machmud sebagai Menteri Dalam Negeri, H. A. Mukti Ali sebagai Menteri Agama dan Sjarif Thajeb sebagai Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Bunyi SK. Tersebut pada Bab I pasal 1 ayat 2 butir b. Madrasah Tsanawiyah setingkat dengan Sekolah Menengah Pertama.
6. Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur di Surabaya, tanggal 26 Februari 1976, Nomor : N/L-lb/434/SK/76 Sdr. Arifin NIP. 150010819 Lh. Jember, 21 September 1933 pangkat Pengatur Tk. I Gol. II/d selaku Pejabat Kepala yang lama diserah terimakan kepada Pejabat Kepala yang baru Sdr. Dulhalim, BA. NIP. 150048045, Lh. Jember 8 Juni 1944 pangkat Pengatur Muda Tk. I Gol. II/b.
7. Tanggal 4 Mei 1977, MTsAIN Jember yang sementara kegiatan belajar mengajarnya numpang pada gedung Fakultas Tarbiyah IAIN Jember pindah menempati gedung sendiri yang terletak di Tegalboto Kidul Desa Sumbersari hasil dari Rehabilitasi Departemen Agama tahun anggaran 1975/1976 sebesar Rp. 4.600.000,- ( Empat juta enam ratus ribu rupiah ), dengan bangunan 3 lokal ruang belajar, 1 lokal ruang guru, 1 kamar mandi, 1 kamar WC dan 1 kamar gudang.

Keadaan personalia pada waktu itu : Guru tetap 7 orang, guru Sipendais 1 orang, Guru honorer 5 orang dan TU 2 orang. Keadaan siswa : Kelas I = 64 orang, Kelas II = 55 orang, Kelas III = 25 orang. Putra = 116 orang dan putri = 28 orang. jumlah seluruhnya = 144 orang.

8. Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 16 Tahun 1978 tanggal 16 Maret 1978 nama Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN) berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN). Jember 1.
1. Pada tahun 1984 Kampus Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN). melalui DIPA Depag membeli  tanah H Saleh sarpan yang terletak di Kelurahan Tegal besar Kecamatan Kaliwates   dan ditempati hingga sekarang. Sesuai KMA Nomor 673 Tahun 2016  Madrasah Tsanawiyah Negeri Jember 1, berubah kembali menjadi MTs Negeri 1 Jember.